Untuk menghasilkan sebuah organisasi yang mantap, pentadbiran yang teratur dan tersusun amat diperlukan. Ia tidak akan terhasil tanpa kerjasama ahli jawatankuasa kakitangan masjid serta semua lapisan masyarakat. 

Masjid Abidin mempunyai sistem pentadbiran yang teratur dan kemas selaras dengan tarafnya sebagai sebuah masjid negeri. Ia dinaungi oleh jawatankuasa masjid negeri yang dipengerusikan oleh Timbalan Setiausaha Kerajaan Negeri Terengganu bersama-sama beberapa orang ahli jawatankuasa lain. 

Mereka merupakan induk yang menentukan polisi pentadbiran, penggunaan ruang, membuat keputusan dasar, merancang dan melaksanakan aktiviti-aktiviti masjid.